El sistema de pozos está conformado por 28 pozos tubulares perforados inicialmente por SEDAPAL y divididos en 13 pozos norte y 15 pozos sur.
Los pozos del norte, en su mayoría ubicados por encima de la cota de la planta, bombean el agua hacia la cámara de carga ubicado al ingreso de los reservorios de regulación, en este punto se inyecta cloro desde la Casa de cloración, por tal motivo no cuentan con un sistema de inyección de cloro.
Por el contrario, los pozos sur ubicados por debajo de la cota de la planta, están equipados con un sistema de cloración. Estos bombean directamente a la línea de distribución, pero operan presiones más altas que los pozos del norte.
Cada pozo cuenta con una electrobomba sumergible, instalados a profundidades entre 40 a 90 metros, un árbol de descarga con válvulas de purga, alivio y salida, tableros de control de motor, automatización y distribución. Con respecto a la instrumentación instalada, tienen un caudalímetro electromagnético, un medidor de presión de línea, un medidor de nivel de pozo y un detector de fuga de cloro gas, solo para los pozos con sistema de inyección de cloro.
